Снова одолев Боузера и вернув покой Бруклину, Марио рассчитывал на заслуженный отдых. Однако покой оказался недолгим. Коварный Боузер-младший заключил неожиданный союз с бандой Варио. Их амбиции простираются теперь далеко за пределы знакомых королевств — они задумали подчинить себе весь мир.
Теперь Марио не может действовать в одиночку. На помощь ему приходят верные друзья, готовые снова вступить в бой. К команде присоединяется и неунывающий динозаврик Йоши. Вместе им предстоит пройти через новые, ещё более опасные испытания, чтобы сорвать коварные планы альянса и не дать злодеям установить тотальный контроль над каждой страной и каждым островом.